โครงการจัดการน้ำเสียในเขตควบคุมมลพิษ จังหวัดสมุทรปราการ หรือที่รู้จักกันในชื่อ “บ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่าน” สืบเนื่องจากมีความพยายามทำให้กระบวนการดำเนินการซับซ้อน อีกทั้งการก่อสร้างใช้ระยะเวลายาวนาน นับจากกรมควบคุมมลพิษถือกำเนิดในปี พ.ศ. 2535 ก่อนจะมีการลงนามเซ็นสัญญาในปี พ.ศ. 2539 และเริ่มก่อสร้างในปี พ.ศ. 2540-2546 โครงการนี้จึงเรียกได้ว่าผ่านมือหลายรัฐบาล สื่อมวลชนเกือบทุกสำนักในอดีตจึงขนานนามว่า “มหากาพย์ทุจริตคลองด่าน”
ต่อมา ในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2546 นายประพัฒน์ ปัญญาชาติรักษ์ อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มีคำสั่งให้ยุติ การดำเนินการใดๆ กับโครงการที่สร้างแล้วเสร็จถึง 98% กล่าวได้ว่าเกือบจะพร้อมใช้งาน และรัฐจ่ายเงินให้บริษัทฯ ผู้รับเหมาไปแล้วถึง 90% วงเงินกว่า 20,000 ล้านบาท ซึ่งเป็นเงินที่มาจากภาษีของประชาชน
ปัจจุบัน นับจากวันที่ นายประพัฒน์ ปัญญาชาติรักษ์ มีคำสั่งให้ยุติการก่อสร้าง โครงการดังกล่าวก็ไม่ได้ถูกใช้ประโยชน์ใดๆ ปล่อยทิ้งให้รกร้างทรุดโทรมไปตามกาลเวลา
ต่อมา เมื่อวันที่ 11 มีนาคม 2559 องค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ได้มีการทำประชาคมรับฟังความคิดเห็นของประชาชนในพื้นที่ตำบลคลองด่าน เกี่ยวกับการใช้ประโยชน์ในโครงการระบบบำบัดน้ำเสียคลองด่านว่าจะดำเนินการต่อไปอย่างไร โดยมีประชาชนเข้าร่วมประชาคม จำนวนถึง 2,015 คน โดยองค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) เสนอแนวทางดำเนินการ เช่น
ให้มีการศึกษาตามแผนของกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมต่อไปโดยให้เอกชนดำเนินการ เปลี่ยนรูปแบบระบบบำบัดน้ำเสียให้สอดคล้องกับความเป็นจริง เปลี่ยนแปลงพื้นที่เป็นศูนย์เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ หรือยกเลิกโครงการโดยไม่ต้องดำเนินการอย่างไร
ซึ่งผลการทำประชาคม มีผู้เห็นด้วยกับข้อเสนอขององค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) เฉพาะข้อเสนอให้ยกเลิกโครงการโดยไม่ต้องดำเนินการอะไร จำนวนเพียง 60 คนเท่านั้น คิดเป็นร้อยละ 2.98 ของประชาชนทั้งหมดที่เข้าร่วมประชาคม ซึ่งองค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.)ได้นำผลการประชาคมดังกล่าวเสนอต่อรัฐมนตรีเพื่อพิจารณาและเสนอต่อคณะรัฐมนตรีต่อไป
ส่วนความต้องการที่แท้จริงของชาวคลองด่านนั้น ทาง อบต.คลองด่านและประชาชนตำบลคลองด่าน ซึ่งอาศัยอยู่ในพื้นที่ และเป็นผู้เสียหายได้รับผลกระทบจากการดำเนินโครงการดังกล่าวโดยตรง ได้มีการพิจารณาร่วมกันแล้วเห็นว่า เพื่อให้มีการดำเนินการกับสิ่งก่อสร้างและท่อรวบรวมน้ำเสียที่ผู้รับเหมาทิ้งไว้ในโครงการ กลับมาใช้ประโยชน์อย่างคุ้มค่าสูงสุด จึงมีข้อเสนอดังนี้
- ให้องค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) ตรวจสอบสิ่งก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียคลองด่าน และท่อรวบรวมน้ำเสียในโครงการที่ผู้รับเหมาก่อสร้างทิ้งไว้ หากพบว่าไม่ได้ก่อสร้างตามแบบมาตรฐานคู่สัญญา ให้องค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) ส่งหลักฐานให้กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม โดยกรมควบคุมมลพิษ ดำเนินการตามขั้นตอนของกฎหมาย ตามมติคณะรัฐมนตรี วันที่ 17 พฤศจิกายน 2558 ต่อไป
- นำพื้นที่ที่เหลือจากการก่อสร้างซึ่งเป็นพื้นที่ป่าชายเลน พื้นที่ชายทะเล จำนวน 1,300 ไร่ พัฒนาเป็นแหล่งท่องเที่ยว
- ให้ท้องถิ่นบริหารจัดการ และบริหารการท่องเที่ยว เมื่อมีการพัฒนาพื้นที่ดังกล่าวแล้ว
- ให้องค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) ตั้งพิพิธภัณฑ์การทุจริตโครงการบำบัดน้ำเสียคลองด่าน เพื่อเป็นการให้ความรู้และข้อมูลที่ถูกต้องแก่ประชาชน
- ให้องค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) ใช้พื้นที่ด้านเหนือของที่ตั้งโครงการก่อสร้างโรงบำบัดน้ำเสีย ปรับปรุงเป็นสวนน้ำเพื่อการท่องเที่ยว
- ให้องค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) นำแนวทางการแก้ไขปัญหาน้ำเสียจังหวัดสมุทรปราการ ของกรมโรงงานอุตสาหกรรม กระทรวงอุตสาหกรรม และกรมโยธาธิการและผังเมือง กระทรวงมหาดไทย มาใช้เป็นพื้นฐานในการแก้ปัญหาน้ำเสียของจังหวัดสมุทรปราการต่อไป
เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 2564 ด้าน นายเฉลา ทิมทอง นักเคลื่อนไหว และแกนนำคัดค้านโครงการบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่าน กล่าวกับผู้สื่อข่าวว่า
“การประชาคมไปเมื่อวันที่ 11 มีนาคม 2559 ถูกซุกในลิ้นชักไว้ไม่ดำเนินการใดๆ ถึง 5 ปี ในฐานะประชาชน ตนจึงจะนำรายงานฉบับที่สมบูรณ์ไปยื่นกับ อบจ.สมุทรปราการ เพื่อให้ อบจ.รับเอาโครงการนี้ไปดำเนินการ โดยงบประมาณของ อบจ.เพราะเขามีงบประมาณ
ผลการทำประชาคมมีผู้เห็นด้วยกับข้อเสนอขององค์การจัดการน้ำเสีย(อนจ.) เพียง 60 กว่าคน โดยเฉพาะในข้อเสนอที่ให้ยกเลิกโครงการโดยไม่ทำอะไรเลย เราไม่เห็นด้วย เพราะรัฐจ่ายเงินไปหมดแล้ว ขณะที่ข้อเสนอของชาวคลองด่านมีประชาชนสนับสนุนจำนวนมากถึง 1,955 คะแนน ขอถามว่าถ้าประชาชนมีมติกันขนาดนี้ รัฐบาลจะเลือกแนวทางใด ซึ่งจะเป็นบทพิสูจน์คำว่าประชารัฐของรัฐบาลเป็นของจริงหรือไม่”